El nombre de Santoyo ya aparece en una trascripción de los fueros de Melgar de Fernamental, dados por Don Fernán Armentález y aprobados por Don García Fernández, conde de Castilla, sucesor e hijo de Fernán González. Así figura también en la Carta Executoria al Conde de Castrogeriz (abril de1.500).
El origen etimológico del nombre a dado lugar a muchas hipótesis, así hemos podido recoger las siguientes: Santovio, Santochyo (Sanctus Eutichyus), Santugio, Santu-eio (Santillo); para otros procede del nombre latino de su patrono San Juan Bautista, así Santus Joannes que en forma abreviada muy corriente es Santus Jº y castellanizada, con la «Y» en lugar de «J», daría Santo-Yo , etimológicamente Villa de Santoyo sería igual que Villa de San Juan.
Pero nada de esto parece real y correcto ya que ninguna de estas teorías esta fundamentada en un estudio histórico de investigación serio. Por último, tenemos la acepción que nos dice que proviene de la derivación a través de la variación y utilización del lenguaje del nombre de San Audito o San Avito del modo siguiente: Sant Audito o Sant Auto>Sant Auyo>Santoyo> SANTOYO . Esta teoría ha sido tratada y fundamentada rigurosamente desde el punto de vista histórico por Faustino Narganes Quijano en el libro: » Santoyo: recopilación histórica para la adopción de su Escudo y Bandera Municipal «, donde aporta datos y citas fechadas que lo atestiguan, además de contar con la opinión de los historiadores Julio González y Gonzalo Martínez Díez que corroboran lo apuntado.
Ocupa Santoyo, según Cuadrado, el lugar de la antigua Tela Augusta, romana; cerca de otra villa también del Imperio, Las Quintanas, de cuya existencia, aún hoy, las pruebas son palmarias. Probablemente, en un principio, fue el asentamiento de una población indígena de los vacceos, de cuyo castro quedan restos en los alrededores. Con las invasiones bárbaras, los suevos dirigidos, posiblemente, por Hermerico (409-441), arrasaron la antigua Tela Augusta. Después los visigodos ocuparon estas tierras y reconstruyeron el lugar, de ello hay algún vestigio en el poblado que existió protegido por la muralla con reminiscencias escasas visigóticas, como probablemente también lo es la pila bautismal. Es a partir de estos momentos cuando empieza a fraguarse y aparece el nombre actual de la villa, «SANTOYO». Arrasada o despoblada en tiempos de la dominación árabe, volvió a ser repoblada definitivamente por el conde Fernán Armentález en el 950.
El recinto amurallado tenía una extensión de 13 Ha. y se encuentra situado a los pies del páramo que lo bordea por el oeste y el sur, abriéndose por el sector septentrional a la zona llana de la Tierra de Campos por donde discurre el Canal del Pisuerga.
Plaza fortificada
Aún se pueden contemplar algunos trozos de la muralla, a pesar de que la desidia y la incultura han sido la piqueta demoledora del recuerdo de tanta historia acumulada. Aparte de los pequeños restos, que dicen visigóticos, su sistema de construcción parece más bien situarla en el siglo XI.
Circundaba el poblado en un perímetro de 1.150 m. aproximadamente, con cuatro entradas adinteladas. Estas entradas, ya desaparecidas, llevaban sendas capillitas, vistas al interior de la villa; en tres de las cuales se daba culto a una imagen de la Virgen y en la otra a Cristo Crucificado.